امور پژوهشي و فناوري از مهمترين اهداف دانشگاه است. اين معاونت مسئول ارائه رهنمودهاي علمي و تخصصي مناسب جهت گسترش و توسعه پژوهش و فناوري مي‌باشد. سياست‌گذاري در امر پژوهش و فناوري، برقراري ارتباط با دانشگاه‌هاي داخلي و خارجي، همكاري در ارائه خدمات علمي، فرهنگي و اجتماعي از طريق برگزاري سمينارها و همايش‌هاي علمي، نشر يافته‌هاي علمي و نظارت بر كليه امور پژوهشي دانشگاه، كتابخانه‌ها و بانك‌هاي اطلاعاتي دانشگاهي جزء وظايف اين معاونت مي‌باشد.

معاونت پژوهش و فناوري دانشگاه فردوسي مشهد، رياست شوراي پژوهش و فناوری دانشگاه، رياست شوراي سردبیران نشریه های علمی دانشگاه، دبير شوراي قطب‌هاي علمي دانشگاه، رياست شوراي برنامه‌ريزي و بهسازي كتابخانه‌ها، رياست شوراي سياست‌گذاري‌هاي واحد های پژوهشی و فناوری دانشگاه ، دبيري شبكه معاونان پژوهشي دانشگاه‌ها و مؤسسات پژوهشي و فناوري منطقه 9 كشور، دبیری جشنواره علمی-پژوهشی فردوسی، ریاست کمیسیون پژوهش استان (ذیل کارگروه)  و دبیری کارگروه آموزش، پژوهش، فناوری و نوآوری استان را به عهده دارد.

-تهيه و پيشنهاد آيين‏ نامه ‏هاى مختلف پژوهشی و فناوری با كمك مسئولان ذى‌ربط و نظارت بر حُسن اجراى آن­ها؛

-انجام بررسي‌هاى لازم و تصميم­ گیری درباره فعاليت‌هاى پژوهشی و فناوری؛

-برقرارى ارتباط با دانشگاه‌هاى داخلى و خارجى و نيز مؤسسات علمى برای جلب همكارى آنان در زمينه‏ هاى گوناگون پژوهشى و فناوری؛

-همكارى در ارائه خدمات علمى، فرهنگى و اجتماعى و برگزارى همایش‌ها و كنفرانس‌های علمى و اجراى كليه امور قراردادهاى پژوهشى و فناوری بين دانشگاه و دیگر مؤسسات؛

-همكارى در اجراى دوره‏ هاى كوتاه‏ مدت پژوهشى براى مؤسسات غير دانشگاهى؛

-نظارت بر نشر آثار علمی دانشگاه؛

-برنامه‏ ريزى برای استفاده اعضاى هيأت علمى از فرصت‌هاى مطالعاتى؛

-تهيه برنامه پژوهشى دانشگاه و ارائه اهداف و تعيين اولويت‌هاى پژوهشى و فناوری در قالب برنامه‏ هاى ميان مدت و بلندمدت براى طرح در شوراى پژوهشى و فناوری دانشگاه؛

-نظارت بر توزيع و تخصيص مأموريت‌هاى علمى خارج از كشور؛

-نظارت بر تهيه و تدوين اساسنامه ‏ها و آيين‏ نامه ‏هاى واحدهای پژوهشى و فناوری وابسته؛

-مطالعات لازم در زمينه ارزشيابى فعاليت‌هاى پژوهشى و فناوری و ارزيابى ‏عملكرد پژوهشى و فناوری سالانه ‏دانشگاه؛

-نظارت بر كليه امور پژوهشى و فناوری، كتابخانه‏ ها و بانك‌هاى اطلاعاتى دانشگاه؛

-نظارت بر عقد قراردادهاى پژوهشى و فناوری؛

-ايجاد زمينه‏ هاى مناسب و لازم به منظور توسعه طرح‌هاى پژوهشى و فناوری؛

-بررسى و ارزيابى فعاليت‌هاى دانشگاه در چارچوب برنامه‏ هاى رشد و توسعه كشور در بخش آموزش‏ عالى و طرح در هيات رئيسه؛

-نظارت بر واحدهاى پژوهشى دانشگاه؛

-و انجام دیگر امور محول شده.